Posebna prirodna osobitost Lokruma zasigurno je Mrtvo more.
Slano jezero na južnoj strani otoka s vanjskim morem povezano je kanalom što prolazi duboko kroz stijene. Mrtvo je more zapravo špilja kojoj se davno u geološkoj prošlosti urušio strop. Uslijed nevremena koje je ovih dana zadesilo područje oko Dubrovnika stvorila se zanimljiva pojava u Mrtvom moru. Naime, kako nam je objasnio Lokrumski vatrogasac Srđan Vrdoljak, velika plima plus jaki valovi su ulaskom kroz otvor napravili takozvani express lonac u Mrtvom moru.